星云和尚曾在2000年12月13日，20世纪最后一个“南京大屠杀”忌日，亲手将一幅油画《南京大屠杀》捐献给“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。星云父亲当年在南京经商，就是在这场惨绝人寰的屠杀中失踪的。母亲领着他从扬州赶到南京，几天几夜到死人堆里寻找父亲的尸体，但没有下落。在兵荒马乱的绝境中，母亲不得不将他送到南京栖霞山剃度出家，当年他才12岁。

《南京大屠杀》是星云和尚请旅美画家李自健创作的。当初星云和尚激赏李先生的才华，出资订购他的100幅油画，却并不要求他画佛教题材。这幅《南京大屠杀》是星云和尚唯一的“命题作文”。整幅油画由“屠”、“生”、“佛”三联组成，有一人半高。左侧为“屠”——两个趾高气扬的日本军官站立着，其中一个狞笑着擦拭沾满鲜血的战刀；中间一联为“生”——在堆积如山的中国人尸体上，一个孩子趴在裸露着胸膛死去的母亲身上哭喊着；右侧一联为“佛”——一位佛家弟子正在拖起一位惨死的老人。整幅油画的背景，是滚滚的长江。据画家说，星云和尚第一次看到这幅油画，一动不动地站了15分钟，随后抹掉眼角的泪水，只说了一句：
太像了。

星云和尚曾经对大陆记者说起：
那是一段不想回忆，却又难忘记的日子……